在改造中，多次發生了對不愿搬遷的居民“強制搬遷”的事件。據《南京日報》報道，門東動遷指揮部負責人稱“對規定期限內仍不簽訂搬遷協議的住戶，將加快實施司法強制搬遷”(2012年11月3日)；門西工程建設指揮部負責人稱“堅持不搬，指揮部將依法申請司法強制搬遷程序”(2013年1月19日)；南捕廳動遷指揮部負責人稱“動遷遭少數居民干擾，將申請執行強制搬遷。”(2013年7月7日)

　　這些地段的開發單位分別是南京城南歷史街區保護建設有限公司和南京城建歷史文化街區開發有限責任公司。“2013中國·南京科技創業創新與重大項目洽談會”發布的信息透露：南捕廳地段將以甘熙宅第為核心，建設占地面積12.3萬平方米的商業配套，預計總投資50億元；門西地段將開發特色商業服務區、園林酒店辦公區、城市廣場商業區、秦淮河商業帶等。

　　如果在老城南歷史街區都進行這樣的“強制搬遷”，南京《名城規劃》和《老城南規劃》確定的居民自我修繕、自愿疏散的原則將淪為一紙空文，最后的老城將成為沒有原住民的“文化空城”。而將歷史文化街區、歷史風貌區整體出讓給企業管理經營，擅自進行各類“征收”、“搬遷”，驅逐街區居民的行為，也與國務院《關于進一步做好旅游等開發建設活動中文物保護工作的意見》禁止把歷史文化街區、村鎮整體出讓給企業管理經營的要求相違。

　　實踐證明，以居民為主體，政府主導、專家指導、社會參與，居民按保護規劃自我修繕的保護模式，能最大限度地調動各方面的積極性，形成舊城保護與整治的最大合力。面對新形勢，南京最后的古城已不能繼續走大拆大建、拆真建假、全面外遷居民的老路，而應積極探索保護古城的歷史真實性、風貌完整性和生活延續性的新路。