為貫徹落實《水污染防治行動計劃》，切實做好水生生物多樣性保護工作，生態環境部會同農業農村部、水利部制訂了《重點流域水生生物多樣性保護方案》并于2018年4月3日印發。

　　方案立足于創新、協調、綠色、開放、共享的發展理念，以水陸統籌、部門協同、區域聯動為手段，優化水生生物多樣性保護體系，完善管理制度，強化保護措施，加強科技支撐，加快水生生物資源環境修復，維護重點流域水生生態系統的完整性和自然性，改善水生生物生存環境，保護水生生物多樣性。

　　方案確立了保護行動要堅持的三大基本原則：保護優先、綠色發展；系統保護、區域聯動；突出重點、因地制宜；明確了到2020年和2030年工作的主要目標以及2020年目標的具體指標。到2020年，水生生物多樣性觀測評估體系、就地保護體系、水域用途管控體系和執法體系得到完善，努力使重點流域水生生物多樣性下降速度得到初步遏制。到2030年，形成完善的水生生物多樣性保護政策法律體系和生物資源可持續利用機制，重點流域水生生物多樣性得到切實保護。

　　2020年工作目標的具體指標分為四個方面：一是開展重點流域水生生物多樣性本底調查，建設重點流域水生生物多樣性觀測、評估和預警體系，對保護重點實行有效監控；二是開展現有保護區的保護需求與效果科學評估，以及規范化管理建設，在此基礎上，新建、晉升、調整、清退一批自然保護區和水產種質資源保護區，管護能力得到提高，重要瀕危水生物種種類得到較好保護；三是建成一批珍稀瀕危水生生物和重要水產種質資源遷地保護設施；四是重要河湖被擠占的生態用水逐步得到退減，流域綜合調度得到加強。

　　為落實好重點流域水生生物多樣性保護工作，方案提出了開展調查觀測、強化就地保護、加強遷地保護、開展生態修復、規范水域開發、推進科學養殖等六項重點任務；還具體分析了長江、黃河、珠江、松花江、淮河、海河、遼河等重點流域現狀以及面臨的主要威脅，提出了今后保護工作的重點和任務，要求相關單位從加強組織領導、完善資金機制、加強執法檢查、強化科技支撐、推動公眾參與五大方面提供保障措施。